단백질 분자량 계산기
분류：생물학단백질의 분자량은 아미노산 잔기의 평균 동위 원소 질량의 합을 사용하여 계산됩니다:
\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]
여기서:
- \(n_i\) = 서열에서 각 아미노산의 수
- \(MW_i\) = 각 아미노산의 분자량
- \(n_{peptide}\) = 펩타이드 결합의 총 수
- \(MW_{H_2O}\) = 물 분자의 분자량 (18.02 Da)
단백질 분자량 계산기란 무엇인가요?
단백질 분자량 계산기는 아미노산 서열이나 조성을 기반으로 단백질의 분자량을 결정하는 데 도움을 줍니다. 또한 이론적인 등전점(pI), 소멸 계수, 소수성(GRAVY 점수), pH 7에서의 순 전하와 같은 추가 속성도 계산합니다.
계산기 사용 방법
계산기는 단백질 데이터를 입력하는 여러 가지 방법을 제공합니다:
- 서열 방법: 한 글자 아미노산 코드를 사용하여 단백질 서열을 입력합니다.
- 조성 방법: 각 아미노산의 수를 수동으로 입력합니다.
- 고급 옵션: 아세틸화, 이황화 결합 또는 말단 수정을 적용합니다.
주요 기능
- 다르톤(Da) 및 킬로다르톤(kDa)으로 분자량을 계산합니다.
- 아미노산 pKa 값을 기반으로 이론적인 pI를 결정합니다.
- 280 nm에서 UV 흡광도를 위한 소멸 계수를 계산합니다.
- GRAVY 점수를 사용하여 소수성을 추정합니다.
- 인산화, 메틸화 및 아미드화와 같은 사용자 정의 수정을 고려합니다.
단백질 분자량이 중요한 이유는 무엇인가요?
단백질의 분자량을 아는 것은 다음과 같은 이유로 중요합니다:
- 전기영동 분석(SDS-PAGE, 웨스턴 블롯).
- 질량 분석 식별.
- 단백질 정제 및 크로마토그래피.
- 구조 및 기능 연구.
자주 묻는 질문
이론적인 pI는 어떻게 계산되나요?
등전점(pI)은 단백질이 순 전하가 없는 pH입니다. 이는 헨더슨-하셀발흐 방정식을 사용하여 계산됩니다:
\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]
소멸 계수란 무엇인가요?
소멸 계수는 트립토판(W), 티로신(Y), 시스틴(C) 잔기의 수를 사용하여 계산됩니다:
\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]
계산기는 수정을 어떻게 처리하나요?
계산기는 다양한 번역 후 수정을 적용할 수 있으며, 이는 단백질의 분자량에 추가되거나 차감됩니다.
GRAVY 점수란 무엇인가요?
GRAVY 점수는 단백질의 소수성을 측정하는 지표입니다. 이는 다음과 같이 계산됩니다:
\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]
계산에 물 분자가 포함되는 이유는 무엇인가요?
각 펩타이드 결합 형성은 하나의 물 분자의 손실을 초래하므로, 총 질량이 그에 따라 조정됩니다.
결론
단백질 분자량 계산기는 생화학 및 분자 생물학 분야의 연구자와 학생들에게 유용한 도구입니다. 단백질 구조를 분석하거나 실험을 수행하거나 결과를 해석할 때, 이 도구는 필수적인 분자 속성을 신속하고 정확하게 제공합니다.