라이게이션 계산기
분류：생물학벡터 DNA
삽입 DNA
라이게이션 반응 설정
완전 반응 설정
| 성분 | 부피 (μL) | 최종 양 |
|---|---|---|
| 벡터 DNA (50 ng/μL) | 1.0 | 50 ng |
| 삽입 DNA (25 ng/μL) | 0.33 | 8.3 ng |
| 10× T4 DNA 리가제 완충액 | 2.0 | 1× |
| T4 DNA 리가제 | 1.0 | 400 U |
| 핵산 분해 효소가 없는 물 | 15.67 | 20 μL까지 |
| 총 부피 | 20.0 |
최적화 팁
입력 매개변수를 기반으로 한 몇 가지 권장 사항입니다:
- 벡터:삽입 비율이 1:3인 5' 스티키 엔드는 16°C에서 4시간 동안 인큐베이션합니다.
- 벡터의 CIP 처리는 자기 연결 배경을 줄이는 데 도움이 됩니다.
- 형질 전환 효율이 낮으면 삽입:벡터 비율을 5:1로 증가시켜 보십시오.
- 블런트 엔드 라이게이션의 경우 리가제 농도를 증가시키고 라이게이션 시간을 연장하십시오.
- 최상의 결과를 위해 형질 전환 전에 65°C에서 10분 동안 리가제를 열 불활성화하십시오.
DNA 라이게이션에 대하여
- DNA 라이게이션은 인산다이에스터 결합을 형성하여 DNA 조각을 결합하는 과정입니다.
- T4 DNA 리가제는 제대로 작동하기 위해 ATP와 Mg²⁺가 필요합니다 (리가제 완충액에 제공됨).
- 스티키 엔드 라이게이션은 블런트 엔드 라이게이션보다 더 효율적입니다.
- 벡터:삽입 몰 비율은 일반적으로 표준 클로닝을 위해 1:3에서 1:5 사이입니다.
- 더 높은 삽입:벡터 비율 (3:1에서 10:1)은 블런트 엔드 라이게이션이나 더 큰 삽입에 권장됩니다.
- 벡터의 탈인산화 (CIP, SAP 등 사용)는 벡터의 자기 연결을 방지합니다.
- 퀵 리가제 시스템은 실온에서 라이게이션 시간을 5-15분으로 줄일 수 있습니다.
삽입량(nG)에 대한 공식:
\[ \text{삽입 ng} = \left( \frac{\text{벡터 ng} \times \text{삽입 크기(kb)}}{\text{벡터 크기(kb)}} \right) \times \left( \frac{\text{삽입 몰수}}{\text{벡터 몰수}} \right) \]
라이게이션 계산기란 무엇인가요?
라이게이션 계산기는 연구자들이 성공적인 라이게이션 반응에 필요한 적절한 벡터와 삽입 DNA의 양을 결정하는 데 도움을 주는 도구입니다. DNA 라이게이션은 DNA 삽입물이 플라스미드 벡터에 DNA 리가제라는 효소를 사용하여 결합되는 분자 클로닝의 중요한 단계입니다.
어떻게 작동하나요?
이 계산기는 사용자가 벡터와 삽입에 대한 세부정보(길이 및 농도)를 입력할 수 있도록 합니다. 선택한 몰 비율에 따라 최적의 라이게이션 반응을 달성하기 위해 필요한 삽입 DNA의 양을 계산합니다.
주요 기능
- 다양한 클로닝 시나리오에 대한 벡터-삽입 몰 비율을 계산합니다.
- 표준 및 사용자 정의 몰 비율을 모두 지원합니다.
- 끈적한 끝 또는 무딘 끝 클로닝에 따라 라이게이션 조건에 대한 권장 사항을 제공합니다.
- 라이게이션 효율성을 개선하기 위한 최적화 팁을 포함합니다.
계산기 사용 방법
- 벡터 길이(bp)와 농도(ng/μL)를 입력합니다.
- 삽입 길이(bp)와 농도(ng/μL)를 입력합니다.
- 원하는 벡터-삽입 몰 비율을 선택합니다(예: 1:3, 1:5).
- 총 반응 부피를 지정합니다(예: 20 μL).
- 고급 설정을 위해 라이게이션 온도, 지속 시간, 리가제 유형 및 벡터 처리 옵션을 선택합니다.
- “계산”을 클릭하여 권장 삽입량 및 반응 설정을 생성합니다.
자주 묻는 질문
최적의 벡터-삽입 몰 비율은 무엇인가요?
끈적한 끝 라이게이션의 경우 일반적으로 1:3 또는 1:5의 벡터-삽입 비율이 권장됩니다. 무딘 끝 라이게이션의 경우 더 높은 비율(예: 1:5에서 1:10)이 효율성을 개선할 수 있습니다.
왜 벡터 탈인산화가 권장되나요?
탈인산화(CIP, SAP 또는 남극 인산가수분해효소 사용)는 벡터의 자기 라이게이션을 방지하여 원치 않는 배경 콜로니를 줄입니다.
어떤 라이게이션 조건을 사용해야 하나요?
- 16°C에서 4시간 – T4 DNA 리가제의 표준 조건.
- 실온에서 15분 – 퀵 리가제에 적합합니다.
- 16°C에서 하룻밤 – 도전적인 라이게이션 또는 무딘 끝 클로닝에 권장됩니다.
라이게이션 효율성을 어떻게 개선할 수 있나요?
- 벡터와 삽입의 올바른 몰 비율을 보장합니다.
- 신선한 DNA 리가제와 완충액을 사용합니다.
- 라이게이션 조건(온도 및 지속 시간)을 최적화합니다.
- 라이게이션 전에 젤 전기영동을 통해 삽입 존재를 확인합니다.
왜 이 계산기를 사용해야 하나요?
이 라이게이션 계산기는 DNA 라이게이션 반응의 설정을 간소화하여 연구자들이 효율적인 클로닝을 위해 적절한 벡터와 삽입의 양을 결정하는 데 도움을 줍니다. 계산을 자동화하고 최적화 팁을 제공함으로써 시간을 절약하고 라이게이션 실험의 성공률을 높입니다.